北京時(shí)間2025年4月16日，國(guó)際權(quán)威學(xué)術(shù)期刊《自然》（Nature）以“A pangenome reference of wild and cultivated rice（野生和栽培稻精細(xì)泛基因組圖譜）”為題，在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心韓斌院士團(tuán)隊(duì)的重大研究成果。該研究首次完成了145份亞洲栽培稻及普通野生稻的高精度基因組組裝，繪制了迄今為止分辨率最高的“野生稻-栽培稻泛基因組圖譜”，系統(tǒng)挖掘了普通野生稻廣泛的遺傳多樣性，并全面解析了亞洲栽培稻各類群的進(jìn)化及馴化路線。這項(xiàng)研究為水稻基因組輔助育種提供了前所未有的遺傳資源，為培育抗病耐逆、適應(yīng)氣候變化的優(yōu)質(zhì)水稻品種奠定了堅(jiān)實(shí)的科學(xué)基礎(chǔ)。

亞洲栽培稻（Oryza sativa L.）作為全球數(shù)十億人的主糧，其馴化歷史可追溯至一萬(wàn)年前的普通野生稻（Oryza rufipogon）。 面對(duì)全球人口增長(zhǎng)和氣候變化加劇的雙重壓力，如何將野生稻歷經(jīng)萬(wàn)年錘煉的“生存智慧”注入現(xiàn)代品種，培育出兼具高產(chǎn)潛力與抗病抗逆特性的"超級(jí)水稻"已成為破解糧食安全困局的重大課題。然而，傳統(tǒng)依賴單一參考基因組的研究模式，如同“以管窺天”，僅能捕捉水稻遺傳多樣性的冰山一角。因此，急需構(gòu)建一個(gè)高質(zhì)量、大規(guī)模的野生稻泛基因組，深度解析其廣泛的多樣性，全面挖掘其耐逆、抗病等優(yōu)良性狀的遺傳變異寶庫(kù)。

韓斌研究團(tuán)隊(duì)整合具有代表性的129份普通野生稻和16份亞洲栽培稻資源，進(jìn)行高質(zhì)量的基因組測(cè)序和從頭組裝，構(gòu)建了一個(gè)可以覆蓋野生稻和栽培稻全面遺傳景觀的泛基因組（pangenome）圖譜。這也是該研究團(tuán)隊(duì)繼全面解析水稻馴化路線（Nature， 2012）和構(gòu)建首個(gè)栽培稻-野生稻泛基因組草圖（Nature Genetics， 2018）之后，在水稻基因組研究和進(jìn)化領(lǐng)域取得的又一項(xiàng)重大突破。

這一參考基因組級(jí)別的栽培稻-野生稻泛基因組為原有公認(rèn)的單個(gè)參考基因組新增了38.7億個(gè)堿基對(duì)，共包含69,531個(gè)基因，其中近20%為野生稻特有的，這些基因被證實(shí)與抗病防御、環(huán)境適應(yīng)性等性狀密切相關(guān)。研究發(fā)現(xiàn)，野生稻中的抗病基因豐度和多樣性均明顯高于栽培稻，已精準(zhǔn)定位到1,184個(gè)野生稻中拷貝數(shù)高于栽培稻的抗病基因位點(diǎn)，其中包含2個(gè)已驗(yàn)證的抗稻瘟病基因。這些發(fā)現(xiàn)進(jìn)一步證實(shí)了野生稻堪稱作物改良的“戰(zhàn)略資源庫(kù)”，可以為培育抗病耐逆的水稻品種提供直接的基因來(lái)源。

基于高質(zhì)量的基因組序列，對(duì)亞洲栽培稻各類群中的早期關(guān)鍵馴化基因進(jìn)行單倍型分析，證明所有亞洲栽培稻的馴化位點(diǎn)均來(lái)源于粳稻祖先Or-IIIa，進(jìn)一步證實(shí)了亞洲栽培稻單起源假說(shuō)，為持續(xù)數(shù)十年的學(xué)術(shù)爭(zhēng)議提供了關(guān)鍵證據(jù)。此外，研究還發(fā)現(xiàn)在南亞各栽培稻類群之間存在廣泛的基因交流，并由此定義了一個(gè)新的栽培稻亞群intro-indica，成功繪制了一副更全面的水稻進(jìn)化和馴化路線圖。

綜上所述，這項(xiàng)研究構(gòu)建了一個(gè)近飽和的野生稻泛基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，實(shí)現(xiàn)了野生稻遺傳資源的系統(tǒng)性整合，有效彌合了野生稻和栽培稻基因組學(xué)研究的差距。科學(xué)家可據(jù)此精準(zhǔn)挖掘野生稻優(yōu)勢(shì)等位基因，追溯重要基因的起源，解析水稻環(huán)境適應(yīng)與表型可塑性機(jī)制。在糧食安全日益嚴(yán)峻的當(dāng)下，這項(xiàng)研究為實(shí)現(xiàn)水稻快速?gòu)念^馴化、精準(zhǔn)培育抗逆性強(qiáng)、資源利用率高、產(chǎn)量突破的新品種提供了關(guān)鍵的基因資源。正如一位審稿人對(duì)該工作的評(píng)述：“由于馴化瓶頸的存在，野生稻品種中存在的遺傳變異只有一部分轉(zhuǎn)移到了栽培稻品種中。因此，野生稻是進(jìn)一步改良栽培稻的重要遺傳變異資源庫(kù)。該論文所呈現(xiàn)的前所未有的野生稻基因組組裝，將成為學(xué)術(shù)界鑒定有益遺傳變異的寶貴資源。從這個(gè)角度來(lái)看，該論文標(biāo)志著作物基因組學(xué)的一個(gè)顯著里程碑。”《自然》（Nature）雜志同期發(fā)布的研究簡(jiǎn)報(bào)（Research Briefing）"Unlocking the diversity of wild and domesticated rice"，強(qiáng)調(diào)了該研究在未來(lái)保障糧食安全方面的重大意義。

中國(guó)科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心韓斌院士和趙強(qiáng)研究員為本文共同通訊作者，博士研究生郭東靈和高級(jí)工程師李艷為本文共同第一作者。上海師范大學(xué)黃學(xué)輝教授也為該研究提供了大力支持。該研究受到國(guó)家自然科學(xué)基金、中國(guó)科學(xué)院先導(dǎo)專項(xiàng)和國(guó)家農(nóng)業(yè)農(nóng)村部重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目的資助。

文章鏈接：https://doi.org/10.1038/s41586-025-08883-6

野生稻和栽培稻泛基因組圖譜

亞洲栽培稻進(jìn)化路線圖

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